Kolagen se može razgraditi pomoću specifičnih proteaza, tj. biorazgradiv. Budući da kolagen ima usku i čvrstu spiralnu strukturu, većina proteaza može odrezati samo njegove bočne lance. Samo specifične proteaze kao što su kolagenaza i elastaza mogu razgraditi kolagen i razbiti peptidne veze kolagena pod određenim uvjetima. Nakon što se peptidna veza kolagena prekine, njegova se spiralna struktura uništava i potpuno hidrolizira u male molekularne polipeptide ili aminokiseline. Male molekularne tvari mogu ući u krvožilni sustav i tijelo ih ponovno upotrijebi ili metabolizira. Biorazgradivost je osnova za korištenje kolagena kao materijala za presađivanje organa.
